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Google Analyticsで複数ドメインを監視するには、
Javascriptのビーコンに以下のコードを足してやり

ただし、これではmain.site.co.jp/index.htmlとsub.site.co.jp/main.htmlのデータが
/index.htmlとmain.htmlと表示されてしまう。
なので、プロファイルのアドバンスフィルタにて

    フィルタの種類: ユーザー定義のフィルタ > アドバンス
    フィールド A: ホスト名
    引用 A: (.*)
    フィールド B: リクエスト URI
    引用 B: (.*)
    出力先: リクエスト URI
    構成: $A1$B1

このフィルタを作成すると、サブドメインも結果に表示される。